赤柱清真寺位于赤柱监狱内，建于一九三六至一九三七年间，是香港第二古老的清真寺，也是全港唯一一座坐落于监狱建筑群的清真寺。该清真寺由监狱署（惩教署前身）的印度和巴基斯坦籍穆斯林员工，联同本地印度社群共同倡议、捐助并兴建。
赤柱清真寺是香港罕见的建筑类型，以巴基斯坦拉合尔的巴德夏希清真寺为蓝本，采用对称布局，沿东西向的轴线而建，朝向麦加的克尔白（又称卡巴天房）。混凝土平屋顶的边缘筑有垛口式女儿墙，拱廊式立面则饰有马蹄形和葱形的装饰拱券。赤柱清真寺没有设置常见的宣礼塔，但采用形似宣礼塔的柱子作装饰，依然展现出浓厚的伊斯兰建筑特色。
清真寺大致保持原貌，仅为配合日常运作而曾进行少量改动。赤柱清真寺不仅见证香港穆斯林社群的发展，更展现社会族裔共融的一面。
赤柱清真寺于二〇二六年列为古迹。
赤柱清真寺现为惩教署管理。基于保安理由及避免影响日常运作，清真寺并不对外开放。