赤柱清真寺位於赤柱監獄內，建於一九三六至一九三七年間，是香港第二古老的清真寺，也是全港唯一一座坐落於監獄建築群的清真寺。該清真寺由監獄署（懲教署前身）的印度和巴基斯坦籍穆斯林員工，聯同本地印度社群共同倡議、捐助並興建。
赤柱清真寺是香港罕見的建築類型，以巴基斯坦拉合爾的巴德夏希清真寺為藍本，採用對稱布局，沿東西向的軸線而建，朝向麥加的克爾白（又稱卡巴天房）。混凝土平屋頂的邊緣築有垛口式女兒牆，拱廊式立面則飾有馬蹄形和蔥形的裝飾拱券。赤柱清真寺沒有設置常見的宣禮塔，但採用形似宣禮塔的柱子作裝飾，依然展現出濃厚的伊斯蘭建築特色。
清真寺大致保持原貌，僅為配合日常運作而曾進行少量改動。赤柱清真寺不僅見證香港穆斯林社群的發展，更展現社會族裔共融的一面。
赤柱清真寺於二〇二六年列為古蹟。
赤柱清真寺現為懲教署管理。基於保安理由及避免影響日常運作，清真寺並不對外開放。